百蕨園內的蕨類以台灣原生種為主，包括烏來鳳尾蕨、細葉鳳尾蕨、對葉鐵線蕨、梅山口鐵線蕨等。烏來鳳尾蕨的每一個群族個體數目都很少，能繁殖的成熟個體更少於50個；對葉鐵線蕨長在南投縣與南橫公路，由於南橫公路進行路邊噴漿工程，導致蕨類族群生存受威脅。

李家維教授請請來辜嚴倬雲植物保種中心的蕨類專家陳俊銘利用托葉培植，成功繁殖1百多棵瀕臨滅絕伊藤氏原始觀音座蓮，種植其中1棵在清華。除台灣原生種，清華百蕨園也保育了珍稀的外來種，如馬來黑心蕨等。

為了讓清華校園內第一個生物多樣性保育棲地有更高的能見度，李家維教授特地將百蕨園設在校園中最熱鬧、人來人往的旺宏圖書館旁。他表示，這塊棲地原來就有一些松樹遮蔭，恰巧可以滿足有些蕨類喜好潮濕陰暗，有些則適合充足陽光的需求。

為了讓外界更認識百蕨園保育計畫，本校也規畫定期導覽，由本校生科系大二生孫梓云負責設計。她是清華特殊選才拾穗計畫學生，也是校園導覽小組的一員，目前還在故宮博物院擔任青年諮詢委員。百蕨園的導覽時間初步規畫為每月第一及最後一個周三的上午9:30至10:30。造訪者也可用手機掃看板上的QR code (http://ferns100.life.nthu.edu.tw)來認識園內的蕨類。